接到环境保护部副部长潘岳在群众反映合肥四方磷复肥有限责任公司环境问题信访件上的批示后，环境保护部环境监察局高度重视，将此案件转安徽省环保厅调查处理。
安徽省环保厅多次赴现场调查后，报送了查处情况。
经安徽省环保厅核实，群众反映的自备矿山属于合肥磷阳矿业有限责任公司(合肥四方磷复肥有限责任公司子公司)。这一公司大横山磷矿区西矿段10万吨磷矿采选工程2008年经肥东县环保局环评审批，至检查时仍未办理竣工环保验收手续，未按环评批复要求建设大气和水污染防治设施，存在一定程度的粉尘污染，群众反映的情况部分属实。
合肥四方磷复肥有限责任公司建有硫酸、磷铵、磷肥、复合肥等生产设施，磷肥生产规模为5万吨/年，建于上世纪70年代;复合肥项目规模为8万吨/年，1995年建成投产，未办理环评审批手续;硫酸项目生产规模为12万吨/年，2008年，经合肥市环保局环评审批，但因防护距离内居民搬迁不到位未办理竣工环保验收手续;磷铵生产规模为16万吨/年，2008年，经合肥市环保局环评审批，2011年通过竣工环保验收。安徽省环保厅检查时发现，硫酸项目处于停产状态，其余项目均在生产。
安徽省环保厅组织有关单位对这一公司履行环保法律法规情况进行彻查，除上述违反环评和"三同时"问题外，还存在一些环境问题，如磷铵项目喷雾造粒工序废气处理设施重力沉降室存在废水渗漏、磷酸浆料输送管道存在废气无组织排放、酸罐存储场地未建设围堰、部分原料和固体废物露天堆放等，但未发现群众反映的偷排废水情况。
中国电镀网资讯：有关群众反映合肥四方磷复肥有限责任公司磷铵项目卫生防护距离的问题，对于环评编制单位提出的100米的结论，合肥市环保局认可并据此为其办理了环评审批和竣工环保验收手续。
安徽省环保厅现场检查后，督促肥东县人民政府尽快完成合肥四方磷复肥有限责任公司周边居民饮水工程建设，肥东县政府于2013年2月6日出函承诺将于6月底前完成。
针对检查中发现的环境问题，安徽省环保厅印发了环境监察通知书，责成合肥市环保局依法查处合肥四方磷复肥有限责任公司环境违法行为并责令整改，肥东县环保局已对其相关环境违法问题进行立案。
合肥四方磷复肥有限责任公司进行了相关整改，磷矿采选项目已停止生产，正在按环评批复要求建设污染治理设施;磷肥项目已停止生产，企业准备撤掉这一生产线;复合肥项目已委托有关单位编制环评;磷铵项目喷雾造粒工序废气处理设施废水渗漏现象已消除;酸罐存储场地围堰已建成;露天堆放的原料和废渣已分类入库存储;磷酸浆料输送管道密封工作正在进行;对雨污管网进行梳理，增加部分污水管网。此外，合肥四方磷复肥有限责任公司已委托完成磷石膏堆场防渗的初步方案及施工图纸，计划6个月内完成防渗工程建设。
安徽省环保厅将查处情况电话告知信访人，并在安徽省环保厅网站公开了相关查处情况。
环境保护部环境监察局已按环境保护部领导的批示，要求安徽省环保厅督促当地环保部门依法查处环境违法行为并加强监管，督促合肥四方磷复肥有限责任公司落实各项整改要求，将处罚情况向社会公开接受监督，并建议将此案件列入后督察。
