同时，庄国泰介绍，在《工作安排》实施的过程中，遇到三大难题。
一是资金来源问题。庄国泰分析，按道理，被污染地块和未污染地块之间应该有价差，地方政府应该吸引企业治理之后再转手，但实际上地方政府在于土地财政的压力下，很难让利，因此场地修复的资金筹集遇到困难。
另一个难题是如何落实污染企业的责任。“因为土壤污染都是长期累积的结果，有些污染企业找不到了，有些污染企业即使找到了，但是转制以后很难说明白是谁的责任，当然也难以承担治理的责任。”庄国泰介绍。
对此， 骆建华建议，我们应当借鉴美国的经验，对于污染责任不明的地块，国家应通过建立土壤修复的基金来解决。
21世纪经济报道记者获悉，美国在治理土壤污染的过程中，在1980年通过了《环境应对、赔偿和责任综合法》，批准设立污染场地管理与修复基金，即“超级基金”。
根据该部法律规定，如果美国环保署找不到责任者或责任者没有实施修复的能力，“超级基金”将拨款支付相关费用;对不愿支付修复费用或当时尚未找到责任者的地块，可由“超级基金”先支付修复费用，再由环保署向责任者追讨。
同时，“超级基金”的主要资金来源是美国国内生产石油和进口石油产品税、化学品原料税、环境税、罚款等。
第三个难题是，在耕地治理方面，如何解决农民的生计。庄国泰介绍，我国土壤污染比较严重的往往是南方的地区，尤其是西南地区，而这一区域的人均耕地面积相对较少。“同样是100亩地，西南地区可能涉及到十几家农民，比北方多很多，影响面比较大，如何在治理的过程中既实现治理目标又让农民有一定的经济收益是治理难点。”
而解决上述的问题出路还在于尽快建立土壤环境保护的法律与制度体系。21世纪经济报道获悉，全国人大常委的立法规划已把《土壤污染防治法》列入一类立法项目。
“实际上，这个立法准备工作在两年前就开始了，条例都已经拟好了。” 庄国泰介绍，但是关于土壤立法的思路存在有两种不同观点，一种观点说应该制定《土壤污染防治法》，另一种观点是建议制定《土壤环境保护法》。
庄国泰建议，应该吸取《水污染防治法》的教训，制定《土壤环境保护法》。因为如果说实施保护的投入是1元的话，那么风险管控要花10元，再到治理将是100元。这么高的治理成本，难以承受。
“现在水的治理有一个专项，叫生态良好的湖泊保护，这也是吸取了以往的教训，今天我们要在保护方面多做工作。”庄国泰分析，从我们国家现有的监管能力来看，土壤防治将更难，不能等到污染之后再治理，要预先做一些保护措施，这样未来我们的土壤环境可能要好一些。
